q225的Ct值是怎么来的？为什么要这样做？
q225的Ct值是通过拟合计算而来的。每条曲线通过一个理想qPCR曲线的公式拟合后，得到了几个参数：扩增前的背景荧光强度，扩增后的平台期荧光强度和一些代表曲线形状的参数。
原始数据
拟合和归一后
q225的默认阈值是扩增达到10%平台期时的荧光强度。Ct即为qPCR曲线与阈值交点的热循环数。•用曲线拟合相当于用这次的扩增曲线对光学做了一次自校正，减小了光学系统的偏移和环境对扩增曲线的影响。
这样计算Ct值有依据吗？
关于曲线拟合计算Ct的方法在许多文献中都有过报道。最早的例子包括：
Liu,W., & Saint, D. A. (2002). Validation of a quantitative method for realtime PCR kinetics. Biochemical and biophysicalresearch communications, 294(2),347-353.
Tichopad,A., Dilger,M., Schwarz, G., & Pfaffl,M. W. (2003). Standardized determination of real‐timePCR efficiency from a single reaction set‐up. Nucleic acids research, 31(20),e122-e122.
这两篇文献已被引用了数百次。还有数十篇文献讨论了类似的qPCR拟合方法。
此外，根据我们大量的实验也表明用拟合方法得出的Ct准确性和可重复性要比许多仪器的默认方法要好。
用曲线拟合计算Ct值的好处是什么？
提高了结果的准确度
提高了在仪器间和位置间的可重复性
减轻了对操作环境的需求（少量灰尘等不影响结果）
仪器长期不需要校正（少量的光学偏移和灰尘会被拟合公式校正，不会越用越不准）
降低对绝对定量中标准曲线的要求（不一定需要每板做）
q225的Ct可以跟其它仪器相比较吗？
Ct结果差异不会太大，但具体差多少基本上取决于在其它仪器上的设定
对于q225而言，只要qPCR体系和程序相同，基本上Ct（默认10%的Ct）只跟模板浓度相关，与仪器、位置、仪器的新旧和校准等基本无关。
其它很多仪器的算法中，阈值高低是可以人为拖动的，每次运行之间、仪器在数次运行间、仪器和仪器间会有所差异，而阈值的设定直接决定了Ct。尽管如此，很多仪器的阈值会习惯大致设在5%-30%间的范围内。因此q225给出的Ct会跟其它仪器接近。
q225的Ct可以不设成10%，可以设成其它值吗（例如20%）？
可以，但一般没有必要。在菜单分析-阈值里，可以设成0.01-0.99之间的任何值，代表1%-99%。但请选中相同Assay的所有样品孔，做同样的阈值更改。
在运行结束后的修改完成后，需要菜单文件-保存来保存修改结果，否则修改不被保存。